大、小和卓是中国西北地区历史上两位著名的伊斯兰教领袖。大和卓是指波罗尼都(?一1759年)，新疆喀什噶尔人，伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的长子。小和卓指霍集占(?一1759年)，伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的幼子。和卓是波斯语的汉语音译，意思是“圣裔”，就是专指伊斯兰教创始者穆罕默德的子孙，后用来称呼伊斯兰教学者和大阿訇。
在伊斯兰教，和卓的地位相当高，是众多穆斯林的领导者，可以这样比喻:在虔诚的教徒心中和卓就是现实中真正的神灵。维族人在清代就流传了一句谚语，其大概意思就是说:能见和卓一次，就是天大的福气了。
真主安拉是至高无上的神灵，但信徒心中对真主的唯有尊敬与膜拜，而对于和卓这种现实生活中的“神”，更多的是恐惧及害怕。在买买提•赛来写的书中记载了这样的一个故事:和卓问教徒是对安拉的恐惧深还是对和卓的恐惧深，教徒回答到“和卓更让人感到威严”。所以，作为神灵在人世间的代言人，顺理成章地继承了“他”的权威。这些和卓们在鼓捣完宗教的事情后，还不想闲着，想要继续扩大自己的威严，就开始把目光投向了凡世，想要搞点事情。并且，在和卓们的不懈努力下，终于在十四世纪，控制了一大批的小国，还控制了当时的新疆。神权与政权被这些所谓的“领导者”们握在手中，真主在凡间也敌不过和卓们，当时的老百姓更没有防抗的力量只能不断地被压迫、剥削。
东察合台，这个曾把和卓当做国师的国家，也没有逃脱厄运，一部分和卓勾结了当时的贵族毁了这个国家。要是知道会是如此结果，当时的国王无论如何也不会邀请这些披着神灵外衣的恶魔了。清朝派往驻新疆的大臣长龄给皇帝的一份奏折中就将这些宗教领袖们比作:藏传佛教中的达赖和班禅。在今天，我们国家仍然认可西藏活佛的身份，可想而知，其影响在当时有多大，地位有多高，他们被看做是神灵在人间的化身。那么，在伊斯兰这个“一神”宗教中为什么和卓地位会提到如此之高?这些人又是用什么来领导统治穆斯林的呢?
之后，和卓的权势越来越大，当时最大的一个国家东察合台就邀请和卓成为国师，和卓也拥有了大量的凡世间的财产，那时候的新疆，可以说，每一块地方都渗透了和卓的势力。这些宗教的领导者们愈发的无所顾忌，利用“神”的代言人身份不断干涉各国的内政，就连平民的生活各方面也都受到了影响，那时的新疆无疑是处于和卓的统治之下。
公元十七世纪时，新疆的和卓为争夺宗教统治权而分为两派，即白山派与黑山派。白山派首领阿帕克和卓失利后出逃，经克什米尔到西藏，为了复仇，向佛教首领达赖喇嘛求援。达赖喇嘛利用他对当时天山以北准噶尔首领噶尔丹的影响，写信要他帮助阿帕克和卓重建政权。噶尔丹趁机以阿帕克和卓为向导，于康熙十七年（1678年）发兵攻入喀什噶尔。阿帕克和卓执政后，屠杀监禁黑山派，为向噶尔丹交纳每年十万两白银的贡金，推行繁重赋税，横征暴敛，并为自己修建豪华陵墓（即今阿帕克和卓麻扎，误传为香妃墓）。阿帕克和卓后被以黑山派为主的暴动群众杀死。白山派内部又陷入流血混战，长子与次子被杀，三子玛罕木特被拥立为喀什噶尔的统治者。而黑山派为战胜白山派，也向准噶尔求援。
卫拉特蒙古准噶尔于康熙五十二年（1713年）再次发兵攻占南疆，将白山派首领玛罕木特带往伊犁，委任黑山派首领管理南疆各城。玛罕木特在羁押中死去，其子大小和卓仍监禁伊犁。
乾隆二十年（1755年）五月，清王朝政府出兵平定了新疆准噶尔分裂势力，清军攻克伊犁，释放作为人质禁锢于伊犁的大和卓(波罗尼都)、小和卓(霍集占)。波罗尼都率领他的弟弟霍集占等30多人投奔清朝军队。伊犁平定后，清朝命令他返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众。大和卓返叶儿羌(今莎车)统领回部，小和卓留伊犁掌管伊斯兰教务。当时无论乾隆皇帝或清军将领都对南疆形势茫无所知，未经认真调查和慎重考虑，对统治南疆的黑山派视而不见，盲目支持白山派大小和卓，酿成日后的苦果。
大和卓布拉尼敦在清军的护送下返回南疆，在争夺统治权的斗争中取胜，许多黑山派首领遭到杀戮。而留在伊犁的小和卓霍集占则参加了阿睦尔撒纳的叛乱，后来也率众逃回南疆，大小和卓兄弟成为新的统治者。
乾隆原想利用大小和卓的影响，去招抚维吾尔群众，和平统一南疆。大和卓布拉尼敦虽认识利害，但小和卓霍集占却过高估计清军进兵的困难，以狂热的宗教进行蛊惑宣传，形成反清叛乱势力。
乾隆二十一年（1756年）小和卓霍集占从伊犁逃回，参与卫拉特蒙古辉特部首领阿睦尔撒纳阴谋发动叛乱，兵败逃叶儿羌。
乾隆二十二年（1757年），原库车阿奇木伯克鄂对不肯附和，投奔清军，霍集占就将鄂对家属全部杀死，并杀害清王朝所遣前往招抚的副都统阿敏道，自立为巴图尔汗，波罗尼都受到鼓动。他们号召各城起兵反清，一起集众数十万叛乱，举兵反对清朝政府，叛军控制了天山南路的大部分地方。
乾隆二十三年（1758年）二月，清王朝平定准噶尔大局已定，清王朝命雅尔哈善为靖逆将军，哈宁阿为参赞大臣，顺德讷为领队大臣，率满、汉兵万余自吐鲁番进发，进入南疆(天山南路)平叛。宣示大小和卓忘恩负义，戕害使者，讨伐只对准霍集占一人，不伤害百姓，连布拉尼敦也可以从宽处理。起初，清军出师不利。但由于大小和卓残酷地压迫维吾尔族人民，“兵饷、徭役繁兴，供给稍迟，家立破;及出亡(兵败逃亡)，又尽其赀以行，民脂殆竭”(《平定准噶尔方略》前编卷15)。人民不堪其苦，纷纷逃亡。
五月，围叛军据点库车。大、小和卓率万余鸟枪兵自叶儿羌经阿克苏赴援，被清军击败，伤亡4000余人，旋率残部入库车固守。雅尔哈善未乘胜进击，而坐守军营终日博弈，疏于戒备，致使大、小和卓乘夜率400骑逃遁，此时清军如严密围困，一举聚歼，擒获霍集占，南疆可不战而定。但雅尔哈善昏庸无能，只知饮酒下棋。见炮轰无效，改用地道攻城。被敌人水淹火攻，将数百名清兵淹毙烧死。他把责任全推到主持挖地道的提督马得胜身上。归附的库车阿奇木伯克鄂对进言：霍集占困守孤城，粮尽援绝，必将突围。请在城西鄂根河水浅处及通向戈壁的北山口，各伏兵一千，可擒获霍集占。雅尔哈善不加理会，霍集占果然乘夜率四百人出城向西突围。防守西门的领队大臣顺德讷竟听任霍集占涉河逃去。乾隆皇帝悔恨自己用人不当，将雅尔哈善、顺德讷、马得胜问罪正法，责令哈宁阿自尽。改命定边将军兆惠、副将军富德迅速进兵。
虽然库车之战失机，但清王朝显示出了军事实力和平叛决心。越来越多的维吾尔首领和民众不愿追随霍集占作乱。在库车被占领之后，小和卓逃到阿克苏，守城维吾尔族人闭门不纳，只得逃到乌什，同样为乌什维族人所拒，遂退保叶尔羌。大和卓则据守喀什噶尔。大小和卓相约各守一城。两人相为倚角，抗击清军。阿克苏随即投诚。曾经擒获达瓦齐的乌什首领霍集斯也派人迎接清军入城。阿克苏遂成为西征清军的云集之地。
在乾隆皇帝的催促下，兆惠率领八百人赶到阿克苏，未等大军集结完毕，就带兵四千西进。先遣侦察的侍卫璊绰尔图身受重伤被俘，怒目圆睁，大声唾骂，霍集占气急败坏，下令将他用铁钩裂开四肢而死。乾隆有《固济尔巴图鲁璊绰尔图尽节诗》称赞：“为齿睢阳张，为舌常山颜。古有今岂无，诗录其人传。”
定边将军兆惠率步骑4000于十月六日进抵叶尔羌（今莎车）城下，小和卓霍集占在此坚壁清野进行固守，与驻守喀什噶尔的大和卓布拉尼敦作掎角之势。清军人少，不能合围，就在城郊叶尔羌河畔有树林水草处立营自固。当地人称叶尔羌河为黑水河，故后称黑水营。七天后，兆惠亲率千人，夺桥渡叶尔羌河，去攻打英奇盘山下霍集占的牧群，以补充军食。不料刚过四百人，桥就断了。霍集占从城中派出骑步兵一万五千人，把渡河的清军团团围住。在后修桥的总兵高天喜闻兆惠陷阵，冲锋救援而阵亡。乾隆帝有《惜阵亡总兵高天喜诗》：“留后修桥耻苟活，复前入阵遂捐生。裹血结缨宁让古，诗非奖勇奖忠诚。”前锋统领鄂实（捐躯伊犁的参赞大臣鄂容安之弟）、侍卫特通阿（原定西将军策楞子）、副都统三格皆战死，兆惠面部和腿部受伤，坐骑中枪倒毙。清军竭力突围，回营拼死固守。这场激烈战斗延续了五天，形势十分危急。兆惠派七人各携告急文书，分两批突围赴阿克苏求援。
兆惠渡河的当天，新任命接替雅尔哈善的靖逆将军纳穆札尔与参赞大臣三泰，率领两百名士兵赶往前线，奉旨往代兆惠，中途遭到叛军三千人围攻，寡不敌众，全部被害。乾隆帝有《双义诗》痛悼。
叛军在叶尔羌河上游决水淹灌，黑水营清军挖沟排水，化险为夷，来水且可饮用。叛军密集施放鸟枪，弹丸打在树林中，清军获弹丸数万，缓和了缺乏弹药的困难。又掘得窖藏粮食，解决了军食。叛军虽四倍于清军，却不能攻破黑水营。清军坚守三个月，伤亡甚众。
在黑水营被围二十天后，不肯附和霍集占叛乱的和卓家族额色尹（其侄女后来成为乾隆帝的容妃，俗称香妃），联合布鲁特（柯尔克孜）人进攻英吉沙，使叛军十分惊惶。布拉尼敦派人向兆惠求和，兆惠遵照乾隆帝以前的谕旨，令其擒送霍集占。这是布拉尼敦做不到的，和议未成，清军仍困守在黑水营中。
乾隆二十四年（1759年）初，清军大部队由阿克苏星夜奔驰赴援。正月六日行至呼尔满（今巴楚县阿克萨克马热勒乡），遇小和卓霍集占所派五千人在此截击。清军激战四昼夜，杀敌千余人。提督豆斌中枪捐躯，临终前还鼓励将士们奋勇杀敌。乾隆帝有《惜阵亡提督豆斌诗》：“最怜来歙临终际，强起犹虞众志摇。”前来助战的大和卓布拉尼敦肋间受伤，与小和卓霍集占各自逃回城中。九日，清军兵抵叶尔羌河，直压叛军营垒。兆惠闻远处枪炮声，知援军到达，即率部出击，黑水之围解除。乾隆有诗《黑水行》，反映黑水之围的激烈战斗和危险情形：“蜂屯蚁聚张数万，三千余人守从容。”赞叹黑水营孤军固守三个月，终能化险为夷的奇迹。
黑水营解围之后，清军撤回阿克苏休整。乾隆二十四年（公元1759年）夏，三万大军出征。兆惠由乌什进攻喀什噶尔，富德则先支援归降的和田地区，随后攻打叶尔羌。大小和卓不敢迎战，见大势已去劫持民众和牲畜，于清军到达二十天前向西逃窜。大和卓于六月二十七日逃离喀什噶尔，小和卓于闰六月二日逃离叶尔羌，两路回合后，即由今阿克陶向帕米尔高原窜去。清军追至伊西洱库尔淖尔，将叛军围在山岭上，一面施放火器，一面大呼招降。叛军“降者蔽山而下，声如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《圣武记•乾隆勘定回疆记》)。清军获叛军降卒1.2万余。
乾隆皇帝严令必获首犯，清军穷追不舍，在霍斯库鲁克（新疆阿克陶县邻近的塔吉克斯坦东北部哈尔古什）、阿尔楚尔（塔吉克斯坦东北部的阿尔楚尔山）、伊西洱库尔淖尔（塔吉克斯坦的雅什库里湖），三战三捷，最后竖旗招降，敌阵中纷纷来投。乾隆帝御制《平定回部勒铭伊西洱库尔淖尔碑文》以纪念胜利（此碑现藏塔什干博物馆）。
八月，大小和卓败逃进入拔达克山（今阿富汗东部巴达克山），清军遣使往谕，宣示大小和卓罪状，要求协擒。是时大小和卓抢掠村落，准备继续南逃。拔达克山汗素尔坦沙下令就擒，并派人报告清军。素尔坦沙因其宗教相同，又担心邻近部落不同意，颇感为难。在清军将领晓以顺逆利害的情况下，即感悟不能为此两凶恶之人贻害数万生灵，于是下令杀死大小和卓。大和卓尸身被盗，向清王朝献上小和卓首级。(《圣武记•乾隆勘定回疆记》)
清王朝两征准噶尔、一定回部，统一天山南北的战争历时五年，至此大功告成。其中有乾隆皇帝的运筹帷幄，数万将士的浴血奋战，还得到维吾尔族地方首领和各地民众的支持。战后被列入平定西域紫光阁前后五十功臣的维吾尔族地方首领依次有吐鲁番的额敏和卓、乌什的霍集斯、库车的鄂对、哈密的玉素富、和阗的阿什默特、喀什噶尔的噶尔默特。
兆惠因此战之功，回京时得乾隆皇帝亲临良乡迎接，“于城南行郊劳礼”，对他大加抚慰，赏赐御用朝珠与良马，并和兆惠一同回城。同年二月，兆惠以一等武毅谋勇公、户部尚书入直军机处。这就是清王朝历史上著名的大小和卓之乱的始末。
在南疆人民的支持下，清军终于粉碎这次叛乱，重新统一了新疆地区。 自此，清王朝加强对天山南北的统治。
乾隆皇帝平定准部和回部之乱后设立的新疆地区最高军政长官。驻伊犁惠远城（今霍城东南） 。全称为总统伊犁等处将军 。伊犁将军为清朝新疆地区最高官职，统辖新疆南北两路，包括巴尔喀什湖以东、以南，额尔齐斯河上游，天山南北两路，直至帕米尔等地的军政事务。加强了对北部和西北部边疆的统治，
乾隆皇帝称自己为十全老人，有些自我吹嘘的成分，但我们也得承认在中国历朝历代的皇帝中，乾隆确实是一位有一定功绩的君主。在他统治的那个时期，伊斯兰教已经在新疆等地拥有了众多信徒，在清代这些人被称作“缠回”。乾隆其中的一项功绩就是平定了当时在新疆的大小和卓叛乱，维护了国家的稳定。只有拥有西域，才可以拥有一个战略上安全的中国，一个完整的中国。
一开始和卓之所以在信徒的心中地位如此之高，是因为其圣裔的身份值得让人尊敬。但是，每个群体里面难免会有动起歪心思的人，为了利用宗教力量来达成自己的私人目的，开始扯起了圣裔这张大旗。这批人包括大小和卓以及七和卓，可以说，这些威胁国家统治的不法分子令人唾弃。
每个人的宗教信仰都应该是自由的，但是，我们回顾历史会发现总会有一些人会利用信徒的虔诚来做一些只是单纯满足私人利益的事:十字军东征如是，“圣战”亦如是... ...