熏腊肉的原理主要涉及物理、化学和生物等多方面的变化，通过这些变化使肉得以保存并形成独特的风味，具体如下：
脱水干燥
热量作用：熏制过程中，火坑产生的热量使腊肉周围环境温度升高，肉中的水分会吸收热量转化为水蒸气，从肉的内部向表面迁移，然后散发到周围空气中。一般熏制温度在 30℃-50℃左右，在这样的温度下，水分能够持续蒸发，使肉的水分含量降低。
空气流动：熏制房内通常会有一定的空气流动，这有助于将含有水分的热空气带走，加速水分的蒸发。同时，空气流动还能使肉表面的水汽分压降低，促使肉内部的水分更快地向表面扩散，进一步加快脱水干燥的过程。
风味形成
美拉德反应：在熏制的温度条件下，肉中的蛋白质、氨基酸等与还原糖之间会发生美拉德反应。随着熏制时间的延长，反应不断进行，会产生多种呈色、呈香物质，如吡嗪类、呋喃类等，使腊肉具有独特的色泽和香气，让腊肉的颜色变得红亮诱人，香气更加浓郁复杂。
烟熏成分的作用：熏制时燃料不完全燃烧产生的烟雾中含有多种成分，如酚类、醛类、醇类等。其中，酚类物质具有抗氧化和抑菌作用，同时能赋予腊肉特殊的烟熏香味；醛类物质可以与肉中的蛋白质、氨基酸等发生反应，形成独特的风味物质；醇类物质则起到助溶和调节风味的作用。
防腐抑菌
降低水分活度：肉经过脱水干燥后，水分活度显著降低。一般来说，当水分活度降低到 0.85 以下时，大多数细菌的生长繁殖就会受到抑制；降低到 0.7 以下时，霉菌的生长也会受到明显抑制。这样就有效地延长了腊肉的保质期。
烟熏成分的抗菌作用：烟雾中的酚类、醛类等成分具有抗菌作用。酚类物质可以使微生物的蛋白质变性，破坏微生物的细胞结构和代谢功能；醛类物质能与微生物细胞内的蛋白质、核酸等生物大分子发生反应，干扰微生物的正常生理活动，从而抑制微生物的生长和繁殖。
盐分的作用：在腌制腊肉的过程中，添加了大量的盐。盐能够提高肉的渗透压，使微生物细胞内的水分向外渗透，造成细胞脱水，从而抑制微生物的生长繁殖。一般腊肉中的盐分含量在 5%-10% 左右，这样的盐浓度能够有效地抑制大多数腐败菌和致病菌的生长。